آموزش دینی در قالب حوزه­علمیه یک سنت آموزشی دیرپا در جامعه ایران است که با ورود مظاهر آموزش نوین به ایران مناسباتی را با محتوا و ساختار آموزشی جدید برقرار نموده است. مدرسه سپه­سالار و بعداً مدرسه عالی شهید مطهری یکی از نهادهای آموزش دینی همراه با آموزش علوم جدید است که از زمان پایه­گذاری در سال ۱۲۷۱ ه.ش تاکنون هر چند تحولاتی را تجربه کرده اما به سبب بنیاد آن که بر سنت وقف استوار است و تولیت آن که بر عهده شخص اول مملکت است، همچنان توانسته ماهیت خود را به عنوان یک مدرسه دینی حفظ و در عین حال مناسباتی با دانشگاه برقرار کند. هدف از این پژوهش بازخوانی تجربه مدرسه سپه­سالار بر اساس نسبت این نهاد با ایده وحدت حوزه و دانشگاه در دوره­های مختلف حیات خود بوده است. برای بررسی این موضوع از تبارشناسی به عنوان گونه ای از روش های تحلیل تاریخ استفاده شده است. یافته­های پژوهش نشان می­دهد که مدرسه سپه­سالار در ارتباط با شخصیت مؤسس یعنی میرزا حسین‌خان سپهسالار، خواست حاکمیت و مقتضیات جامعه ایران امکان تأسیس یافته است و در دوره­های مختلف در خدمت هدف ترکیب آموزش سنتی و جدید قرار داشته و بر همین اساس تحولاتی در ساختار و محتوای آموزشی را با حفظ بنیان خود تجربه کرده است. مدرسه سپه­سالار تحت عنوان مدرسه عالی شهید مطهری پس از انقلاب اسلامی محیط مساعدی در جهت عینیت بخشیدن به ایده «وحدت حوزه و دانشگاه» تشخیص داده شد همانگونه که استثنائاً در دوران قبل از انقلاب نیز چنین کارکردی را ارائه می­کرد. هر چند رویکرد غالب بر این روند در سه دوره حیات مدرسه عالی متفاوت و از به خدمت گرفتن طبقه روحانیت و تضعیف حوزه علمیه تا تحقق الگوی وحدت حوزه علمیه و دانشگاه در تمام ابعاد متغیر بوده است.